Главный герой, Алексей, — молодой мужчина, связанный с Институтом и медициной. После попадания в аномалию он оказывается под наблюдением врачей и исследователей. Его физическое состояние и психика претерпевают изменения, проявляющиеся в снах и реальных ощущениях, связанных с перпендикулярным потоком времени. В книге также присутствует его связь с другими персонажами, включая Илью, который находится под надзором в более строгих условиях из-за предыдущих экспериментов и воздействия аномалии.

Конфликты разворачиваются вокруг сложности взаимодействия с феноменом. Основная трудность — невозможность контролировать рост экзо-материи и изоляция зоны, создаваемой вторым потоком времени. Помимо физических угроз, герои сталкиваются с внутренними противоречиями: чувство вины и беспокойство о судьбе коллег и близких, психологическими изменениями и ограничениями, вытекающими из того, что аномалия влияет на сознание и тело. Исследователи пытаются понять причины и последствия феномена, в то время как главные персонажи вынуждены принимать новые реалии и делать выбор в условиях нестабильности.

По мере развития событий Алексей начинает лучше понимать природу аномалии и особенности второго потока времени. Он сталкивается с опасностью "застревания" в перпендикулярности, что представляет угрозу человеку как с физической, так и с психологической стороны. Ситуация усложняется, когда становится ясно, что развитие феномена может привести к катастрофическим последствиям для Земли и всего человечества. В книге уделяется внимание не только научным и технологическим аспектам, но и личным переживаниям героев, их борьбе с неизведанным.

Заканчивается сюжет тем, что герои осознают сложность и многогранность проблемы, принимают необходимость дальнейших исследований и осторожного взаимодействия с аномалией. История показывает, что с новыми знаниями и измененными возможностями приходится жить, приспосабливаться и делать взвешенные решения. Тема книги касается не столько фантастики как таковой, сколько вопросов ответственности, последствий и выбора перед лицом необычных и сложных явлений.

Таким образом, "Перпендикулярность" Анны Любарской — это рассказ о столкновении человека с неизвестным временно-пространственным феноменом, исследовании его природы и последствиях для жизни людей, которые оказываются вовлечены в эти события. Книга описывает этапы изучения, взаимодействия и принятия новой реальности, показывая сложности и вызовы, которые возникают на этом пути.