Действие книги Преломление. Аномалия Сергея Кольцова разворачивается в мире, где существуют необычные явления, связанные с аномалиями и энергетическими феноменами. В основе происходит столкновение обыденной жизни с опасными и загадочными ситуациями, которые влияют не только на отдельных людей, но и на большие социальные структуры. События охватывают разные места, включая Россию и Японию, а также путешествия героев между странами.

История начинается с того, что в Санкт-Петербурге, в Мариинском дворце, происходит обсуждение судьбы знатной семьи Волковых. Семья пострадала из-за личных трагедий, в частности, смерти дочери главы семьи вместе с ребенком при родах. Сын главы семьи родился вне брака, и в обществе его воспринимают неоднозначно. На этом фоне разгораются конфликты внутри круга влиятельных людей. Они пытаются выяснить, как спасти род и сохранить влияние семьи. Параллельно появляется тема древних связей, генетики и энергетики, которые фигурируют в жизни героев.

Главный герой появляется спустя некоторое время после начала истории. Он молодой человек с необычными способностями, которые он получает благодаря наследию от родителей. Его отец передал ему сильную энергетику и набор генов, а мать, наоборот, не смогла снабдить его энергетической поддержкой, что привело к сложным последствиям для обоих. Герой оказывается вовлечён в события вокруг базы с аномалиями, где сталкивается с опасностями и загадками. Он исследует место происшествия, встречается с разными людьми, в том числе с девушкой, которая играет значительную роль в его жизни. Вместе с ней и другими персонажами он прослеживает связи, раскрывает тайны и пытается понять, что происходит вокруг.