В одном из удалённых и заброшенных бункеров находится нечто, что представляет собой угрозу глобального масштаба. Этот объект — запечатанный и тщательно охраняемый. Его содержимое — древний враг, чуждый и враждебный всему живому. Инопланетная сущность, которая далеко превосходит людей по уровню развития и силе. Система защиты очень надёжна: дверь хранилища выдерживает прямое попадание даже тактической ядерной бомбы, и внутри срабатывают специальные фильтры, отгораживающие врага не только физически, но и мысленно. Из-за особенностей защиты никто из внешних сил не может проникнуть к объекту или использовать ментальные атаки против запертого внутри. Наибольшая опасность — это не сам заключённый, а те, кто могут попытаться открыть дверь извне. При этом история того, как этот объект оказался заперт в бункере, покрыта тайной и потеряна в архивных данных, которые стерты тщательно и профессионально. Выясняется, что ранее люди, которые доставляли эту угрозу в бункер, пожертвовали собой, чтобы не дать ей вырваться наружу.

В таких условиях развиваются события книги Последний протокол. Книга 2, автором которой является Ник Тарасов. Действие происходит в мире, где технологии и инопланетные опасности тесно переплетены. Люди, оказавшиеся близко к этой угрозе, пытаются понять, с чем имеют дело, и как противостоять этому врагу. При этом в распоряжении группы героев — искусственный интеллект по имени Зета. Она помогает собирать данные, сканировать системы и предлагать решения с позиций вычислительной мощности. Действия героев связаны с взаимодействием друг с другом, поиском информации и подготовкой к возможному противостоянию с запертым врагом.

Одна из ключевых проблем — сохранение безопасности вокруг объекта и предотвращение его случайного или намеренного освобождения. Герои устанавливают многочисленные датчики на дверь хранилища, контролирующие любые изменения в её состоянии и окружающей среде. Система оповещения настроена так, чтобы все сигналы шли только им, исключая автоматические протоколы. Кроме того, группа решает изменить подход к тренировкам и сотрудничеству. Ранее тренировки представляли собой спарринг между участниками, но теперь, благодаря новой способности одного из героев — эмпатии — они осознают, что такой способ неэффективен и бесчеловечен. Вместо соперничества выбирают совместную работу против симуляций, чтобы развить командные навыки.